叶鹰赶到蒙古之时，蒙古各旗会盟已经结束，共同推选了博尔达赤的父亲为可汗，建立蒙古国。对于父亲暗中与胡朗往不满的赤云将情况告诉了叶鹰，无奈之下，叶鹰迁怒于胡朗使者，暗杀其于帐中。随后，命人传话给曾经收服的贼王毅引所秦州，确认王胡的忠诚后，一起向秦州发。博尔也不满于父亲对诺言的背叛，和妹带领本旗兵追赶叶鹰而去。

一旗，统领称旗长，旗作为军事编制的单位存在，战时据情况调组建机动兵团。各旗悬挂帝国军旗，战斗突者经授权方可制作属于自己的战旗。

军队分为：野战军、城防军、警卫军、宪兵、预备军、民兵五。野战军肩负着机动作战的主要任务。士兵最低级定为中士。城防军主要肩负城防守卫，以内线作战为主，并在需要时组建野战军，士兵最低级定为下士。警卫军负责城市治安，协助地方官员理政务，士兵最低级定为下士。宪兵负责对军队以及地方官员的工作行监察，反间谍等任务，士兵最低级定为中士。以上均成为正规军，预备军则负责为正规军提供兵员，辅助城防军守卫城池，为前线运送资，看俘虏等指派的任务，士兵最低级定为中列。民兵负责建设各军事工程，制造战争资的任务，士兵最低级定为下列。

至于如何实施这些复杂的制度，那已经给了公主殿下新委任的秦州政务长。叶鹰来不及理蒙凉那边的求援，相比于贵州，他有更重要的事情要。权衡再三，只得以公主的名义让蒙凉带领人退秦州。

通过军政法令，秦州成功的将因为战背井离乡的大量百姓引到秦州，为将要行的利工程储备了大量的免费劳工。同时，对商业的规范制以及税收的降低，加上大量人员迁到西北开荒拓土，秦州新建新民城的大商机使得商人越来越多的聚到秦州。而军事方面的改革，只有士兵以上级别才发放军饷，预备军和民兵大量的列兵都是没有军饷的，战时只提供必要的消耗，却承担着原来分正规军担负的分任务。这样彻底把正规军解放来，专门负责作战任务，把清理战场，运送军需资，看押送俘虏，挖掘修整防御等大量准备工作给了预备军，日后在战场上证明了这改革除了节省军费外的另一大优。

蒙凉此时只有少数将领响应，自知敌不过敌人，还好不少将领多少念赵武之恩，暗中放，蒙凉就这样退了秦州，大约3万兵。

军衔分为：列兵、士兵、小队长、中队长、（大队长）团长、旗长、将军、元帅七等，每等分为下、中、上或铜、银、金三级。